Набирающий силу ислам в итоге вынудил госпитальеров покинуть Иерусалим. После падения Иерусалимского королевства (Иерусалим пал в 1187) госпитальеры были оттеснены в графство Триполи, а после падения Акры в 1291 орден нашёл убежище в Кипрском королевстве.
После упразднения ордена тамплиеров в 1312 году, значительная часть их владений была передана госпитальерам. Владения были разделены на восемь лангов[en] (языков): (Арагон,Овернь, Кастилия, Англия, Франция, Германия и Прованс). Каждый язык управлялся приором, если же в языке было более одного приората, то великим приором. На Родосе, а также в последние годы на Мальте, рыцари каждого языка возглавлялись бальи. Английским великим приором в то время был Филипп Тейм, он же приобретал владения для языка Англия с 1330 по 1358 годы.
На Родосе госпитальеры, называвшиеся тогда также Родосскими рыцарями, вынуждены были стать более милитаризированной силой, постоянно сражаясь, главным образом ссевероафриканскими пиратами. В XV столетии они отразили два вторжения. Первое, возглавляемое султаном Египта, произошло в 1444 году, а второе — спустя 36 лет, в 1480-м. На этот раз агрессором выступил Мехмед II, который после захвата Константинополя сделал госпитальеров своей основной целью.
В 1494 году госпитальеры основали крепость на острове Галикарнас (сегодня Бодрум). Чтобы укрепить бодрумскую крепость, они использовали камни частично разрушенного Мавзолея Мавсола, одного из семи чудес света древнего мира.
В 1522 году на остров высадилось невиданное ранее количество солдат. 400 кораблей под командованием султана Сулеймана Великолепного доставили 200 000 солдат[5]. Госпитальеры под командованием великого магистра Филиппа Вилье де Лиль-Адама, могли противопоставить этой силе 7000 солдат, а также фортификационные сооружения. После окончания осады, продолжавшейся 6 месяцев, выжившим госпитальерам позволили отступить на Сицилию.